Я только изучаю экспрессию генов и регуляцию. Несколько исследований сосредоточены на поиске генов измененной экспрессии генов на микрочипе, чтобы утверждать, что они имеют корреляцию с конкретным заболеванием.
Меня смущает то, как люди могут определить, подавляется или активируется ген по экспрессии его гена.
Предположим, у нас есть несколько образцов гена: некоторые из образцов являются образцами здоровых пациентов, а остальные — образцами, инфицированными болезнью. Определяем ли мы направление регуляции гена по соотношению экспрессии генов нормальных/зараженных болезнью образцов?
Например, если соотношение выражений отрицательное, говорим ли мы, что ген является геном с пониженной регуляцией, в противном случае, это ген с повышенной регуляцией?
Если у вас есть значения управляющего выражения и, например, значения выраженности болезни , вы берете соотношение: . Если это значение больше единицы, оно регулируется вверх. Обычно логарифмическое отношение вычисляется: . Теперь, если это положительно, ген активируется.
Значения экспрессии генов обычно измеряются для всего генома, а затем нормализуются перед вычислением отношений. Таким образом, вы редко имеете дело с отдельными необработанными значениями выражений.