Как перейти от чистой биологии к биоинформатике/биостатистике?

Я работаю аспирантом в области биологии и в настоящее время на последнем курсе. Однако всего через год после защиты диссертации я понял, что ненавижу эксперименты, я действительно ненавидел это. Я думаю, что одна из причин может заключаться в том, что в начале большинство моих экспериментов не сработало. Кроме того, я не мог оправдать годы своей жизни, работая над крошечным белком, до которого никому нет дела, и все это во имя фундаментальной науки. Сначала я хотел уйти, но это было трудное решение, потому что я иностранный студент, и, возможно, мне пришлось бы немедленно вернуться домой, если бы я это сделал.

В этот период я ​​обнаружил, что мне нравится работать со статистикой, и я научился немного программировать, в основном по ночам. В настоящее время я прохожу онлайн-курсы по кодированию, и мне очень нравится использовать вычислительные методы в своей области, особенно в статистике. Мой главный вопрос: реально ли перейти на биоинформатику и статистику и как я могу это сделать сразу после защиты диссертации?

Один из ключевых вопросов заключается в том, какой биоинформатикой вы хотите заниматься. Кодирование + статистика, вероятно, достаточны для проведения базового анализа и применения доступных вычислительных инструментов. Однако, если вы хотите иметь глубокое понимание того, как работают эти инструменты, хотите создавать или улучшать такие инструменты или хотите использовать свои собственные модели, вам потребуется более обширная подготовка в области математики/теории CS.

Ответы (5)

Как аспирант по математике с опытом работы в области компьютерных наук, который работает исключительно в области биоинформатики: это определенно возможно для вас!

В Институте вычислительной биологии Университета Джорджа Вашингтона, где я работаю в качестве GRA, есть аспиранты, постдоки, а также преподаватели с разным образованием (включая чистую биологию), работающие исключительно в области биоинформатики.

Я верю, что вам не нужно переключаться так часто, как вы думаете. Требуется только группа, которая более сосредоточена на части «информатики», чем на биологии. Но все же забота о биологии, чтобы изменить основной распорядок дня. И ваш опыт будет необходим, так как биоинформатика не может существовать без биологических рассуждений и биологических указаний/озарений.

Если бы я был на вашем месте, моим первым шагом было бы найти проблему, наиболее связанную с «информатикой», близкую к вашему текущему исследованию. Может быть, это делает не ваша группа, но все же. Узнайте немного о таких исследованиях, прочитав соответствующие статьи. А после этого достаточно написать пару писем руководителям соответствующих исследований и сообщить им, что вы очень заинтересованы в сотрудничестве по их теме. Это может привести к совместной публикации или даже к предложению должности постдока от соответствующего парня.

Я бы не стал особо рассчитывать на чистую «карьеру» в статистике, так как она обычно требует дополнительной математической подготовки. Но биологов по биоинформатике, которые хотя бы умеют вести статистику, очень трудно найти. Таким образом, чем больше вы знаете со стороны программирования / статистики, тем лучше вы сможете посещать больше групп информатики.

Нет! Не сталкивайтесь ни с чем. Подумайте, в чем настоящая проблема. Вам не нравится иметь дело с неопределенностью?

«Я ненавидел экспериментировать»

С чего вы взяли, что не будете проводить эксперименты по «биоинформатике и статистике»? Эксперимент не обязательно должен проводиться в пробирке. Люди, работающие в биоинформатике и статистике, тоже постоянно экспериментируют, экспериментируют с кодом и методами. И да, в большинстве случаев что-то не работает. Ведь это «Исследование».

Или это

Я не мог оправдать годы своей жизни, работая над крошечным белком, до которого никому нет дела.

Плохая новость заключается в том, что это верно и в других областях. Существует множество биоинформатических/статистических методов/документов, до которых никому нет дела (Мое внутреннее чутье: такие документы чаще встречаются в биоинформатике/статистике). Никто не может с абсолютной уверенностью предсказать, что будет работать и что будет волновать людей.

Суть в том, что эксперименты не работают, и никому нет дела до моих исследований — обычное дело в науке. Если вы считаете, что это основная проблема, то где гарантия, что вы не столкнетесь с ними в другой сфере? В этом случае вам также следует рассмотреть возможность ухода из академии.

Теоретически можно переключиться на тему, и это может быть проще, потому что поля связаны. Но вы не должны забывать о более широкой картине и реальности. Вам не нравится ваша текущая тема, это указывает на то, что вы могли принять необдуманное решение в прошлом. Не повторяй это снова. Прежде чем принимать какое-либо решение, поговорите со своим профессором или кем-то, кто имеет опыт и хорошо вас знает (о вашей исследовательской работе). И самое главное поговорите с человеком, который занимается биоинформатикой/статистикой. Кто-то, чью работу вы хотите в идеале в будущем. Спросите их о повседневных трудностях и проблемах. Поставьте себя на их место, а потом решайте.

Примечание 1: Если вы хотите работать в качестве технической поддержки биоинформатики/статистики, это может немного отличаться (меньше экспериментов). Но, насколько я знаю, люди, занимающиеся технической поддержкой науки, также проводят «эксперименты».

Примечание 2: Как уже упоминалось, люди, приходящие из разных областей в биоинформатику / статистику, это правда, НО текущая ситуация больше отличается, чем 10 лет назад. По мере того, как биоинформатика как область развивалась и совершенствовалась, все больше и больше рабочих мест требовало более конкретных знаний и навыков. Хотя нет ничего невозможного в том, чтобы приобрести навыки, но я считаю, что сейчас очень сложно перейти на биоинформатику, как это было 10-15 лет назад, когда было очень мало студентов/докторантов, специализирующихся на биоинформатике.

Природа мокрой лаборатории и вычислительных экспериментов совершенно различна, поэтому я могу представить, что кому-то нравится только один из них. И как биоинформатик, можно работать над разработкой основных методов (или их биологической интерпретации), которые могут быть полезны для всего сообщества.
@Davidmh +1. «Сухой» аналог «мокрого» эксперимента, вероятно, заключается в выполнении вычислений вручную, а не на компьютере.

Да, ты можешь! Поскольку у вас достаточно мотивации для изучения статистики или компьютерного программирования, не испортив ваш последний год, я предлагаю вам попробовать опубликовать работу (в сотрудничестве с кем-то в области математики, науки о данных, CS), по крайней мере, на конференции, с поворот в сторону биоинформации или биостатов. Это покажет будущим сотрудникам изгиб вашей карьеры.

Это определенно возможно, я был в том же положении, что и вы, и я сделал то же самое изменение сам, хотя я сделал это после постдока в мокрой лаборатории. Теперь я биоинформатический PI.

Лично мне посчастливилось попасть на трехлетнюю программу, специально предназначенную для обучения биологов, прошедших обучение в лабораториях, и их переподготовки в области биоинформатики, но это определенно не единственный способ сделать это.

Абсолютно лучший способ сделать это — выполнить небольшой вычислительно-статистический проект, относящийся к вашей текущей работе. Все пойдет намного лучше, и у вас больше шансов на успех, если вы найдете дружелюбного биоинформатика, готового помочь вам с проектом, но не подходите к нему холодно и просто говорите: «Я хочу научиться заниматься биоинформатикой, пожалуйста, дайте мне проект". Лучше скажите: «У меня есть эта идея, и мне интересно, не могли бы вы помочь мне реализовать ее».

Даже при отсутствии этого вы можете обнаружить, что сможете получить постдок по биоинформатике. Существует огромная нехватка обученных биоинформатиков, и если вы проявите немного энтузиазма, вы сможете получить должность. Но два слова предупреждения:

  1. Удостоверьтесь, что за вами будет наблюдать кто-то, кто знает, что он делает — не вызывайтесь добровольно быть любимым биоинформатиком для кого-то, кто не может контролировать вас без какой-либо другой поддержки.
  1. Подумайте, что вы привносите в отношения — возможно, позиция составляет 50:50 «мокрый-сухой», и они ищут кого-то, обладающего обоими навыками, поэтому вам может потребоваться пройти мокрую лабораторию, чтобы получить возможность изучить сухую лабораторию. В качестве альтернативы вы можете быть конкретным биологическим знанием, которое руководитель готов обменять на обучение вычислительной биологии.

Как было указано выше, вероятно , вы всегда будете в определенной части биоинформатики — той части, которая применяет вычислительные инструменты для решения биологических проблем, а не той части, которая применяет информатику для создания инструментов.

Подайте заявку на степень магистра в области статистики или информатики, это может помочь вам получить хороший опыт. Затем подайте заявку на должности Post-Doc. Еще лучшая идея — получить степень магистра в области науки о данных, а затем найти постдок в чем-то в этом роде. Наука о данных — очень прибыльная область, и если вы заинтересованы в ней, почему бы и нет?