Как соотнести характер связывания активатора CAP из E.coli с ДНК и механизм его действия?

Белок-активатор катаболита (CAP) активирует экспрессию более 100 генов, участвующих во вторичном метаболизме сахара в E.coli. По-видимому, он всегда связывается в сайтах, удаленных от -10 и -35 элементов промотора на кратное 10 парам оснований (например, -70 или -60) . Как это может быть связано с его механизмом действия?

Я искал информацию об этом конкретном активаторе и обнаружил, что он действует главным образом за счет рекрутирования РНКП на слабые промоторы, хотя он изменяет архитектуру ДНК, внося резкий изгиб (для некоторых САР-зависимых генов это способствует конформационным изменениям в РНКП). участвует в инициализации транскрипции): вот кристаллографические данные .

Однако я не нашел ничего убедительного в характере связывания на расстояниях, которые обычно кратны 10 парам оснований (что близко к числу пар оснований в полном витке двойной спирали).

Расстояние между сайтами связывания TF часто важно, поскольку оно напрямую связано с их относительной ориентацией. Если бы два сайта связывания находились, скажем, на расстоянии 15 п.н. друг от друга, TF фактически находились бы на противоположных сторонах спирали ДНК. Вот почему интервал между -10 и -35 так важен для эффективной инициации. Я не знаю, применим ли этот эффект к упомянутому вами интервалу (от 60 до 70 п.н.); на первый взгляд кажется, что это было бы менее актуально, поскольку на таком расстоянии существует большая гибкость.

Ответы (1)

Я нашел отличную статью , которая может помочь. Подводя итог содержанию статьи, можно сказать, что существует два класса промоторов/генов, зависимых от CAP, и расстояние до сайта связывания CAP в этих классах различается. Также действия, в которых участвует CAP, различаются у двух классов промоутеров. В первом классе он не перекрывается с промоторной областью и участвует только в рекрутировании РНКП. Во втором классе он перекрывается с -35 элементом основного промотора и участвует во множественных взаимодействиях. Таким образом, расстояние связывания CAP определяет, в какие взаимодействия он вовлечен.

Вы можете увидеть разницу между двумя классами на картинке ниже (взято из статьи, на которую я дал ссылку). И я думаю, что это отвечает на ваш вопрос о том, почему паттерны кратны десяти, потому что это пространство, необходимое для альфа-CTD, чтобы создать мост между белковыми комплексами, или для взаимодействия CAP с RANP-комплексом.

введите описание изображения здесь

Я только взглянул на документ, на который я ссылался, и быстро извлек информацию, но я надеюсь, что это все же поможет.

Как соотнести характер связывания активатора CAP из E.coli с ДНК и механизм его действия?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v