Здравствуйте, я только начал заниматься биоинформатикой и хотел бы знать, какие программы лучше всего подходят для задачи поиска circRNA (циркулярной РНК) в последовательностях тканей и различных типов клеток. Я слышал о поиске circRNA, find circ, CIRCexplorer, CIRI и MapSplice, которые представляют собой разные программы для поиска circRNA, но я действительно не знаю, какая из них наиболее часто используется и проста в использовании, а какая наиболее точна для нахождение циркРНК.
Согласно последней статье ( https://doi.org/10.1093/bib/bbx014 ), CIRI2 демонстрирует сбалансированные характеристики по чувствительности и FDR.
«Вычислительные методы обнаружения широко использовались в исследованиях биогенеза и функции кольцевых РНК (circRNAs). Однако все существующие инструменты показали недостатки в определенных аспектах обнаружения circRNA. Здесь мы предлагаем улучшенный многопоточный инструмент обнаружения CIRI2. , в котором использовалась адаптированная оценка максимального правдоподобия, основанная на множественном сопоставлении начальных значений, для выявления считываний соединений с обратным сплайсингом и для фильтрации ложных срабатываний, полученных из повторяющихся последовательностей и ошибок картирования.Мы установили объективные критерии оценки, основанные на реальных данных из образцов, обработанных РНКазой R, и систематически сравнил 10 инструментов циклического обнаружения, которые продемонстрировали, что CIRI2 превзошел свою предыдущую версию CIRI и все другие широко используемые инструменты, отличающиеся удивительно сбалансированной чувствительностью, надежностью, продолжительностью и использованием оперативной памяти».
Дэйвид