Каково значение мочевины в масс-спектрометрии? Мы используем 8M мочевину для FASP наших белков перед масс-спектрометрией. Каково значение использования мочевины 8M? и как это влияет на белки?
Я думаю, что ОП спрашивал об актуальности использования мочевины по отношению к методу FASP. В методе FASP основным денатурантом является SDS. Белок денатурируют ~4% раствором SDS (забуференным до pH 7,5-8,0). Затем для замены ДСН используют 8 М раствор мочевины. Мочевина здесь служит двум целям: во-первых, она поддерживает денатурацию белка и в растворах, поскольку SDS заменяется / смывается. Во-вторых, поскольку мочевина является хаотропным агентом, она уменьшает размер мицелл ДСН, которые в противном случае блокировали бы поры мембранного фильтра.
Оригинальную статью читайте здесь: http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html
Как упомянул @Chris, мочевина 8M является денатурантом. Денатурация белков важна для молекулярной (также известной как классическая) масс-спектрометрии. Если бы вы проанализировали неденатурированный белок, то получили бы информацию не только о первичной структуре, но и о нековалентном взаимодействии (2+°):
Классический подход МС, так называемый «молекулярный МС», анализирует в газовой фазе масс-спектрометра отдельные частицы, первоначально присутствующие в растворе после разрушения нековалентного каркаса. С другой стороны, «супрамолекулярная МС» или «неденатурирующая МС» направлена на перенос неповрежденных нековалентных комплексов, которые ранее существовали в растворе, в газовую фазу прибора.
( Sanglier et al. 2008 , Methods Mol. Biol.)
Денатурация белков важна для молекулярной/классической масс-спектрометрии, поскольку она гарантирует, что ваш анализ отражает только ковалентные связи (первичную структуру), присутствующие в целевом белке.
Крис
канадец