Каковы доказательства того, что у растений и животных был общий предок?

Дарвин предположил, что все существующие организмы имеют общего предка:

Поэтому, исходя из принципа естественного отбора с дивергенцией признаков, не кажется невероятным, что из какой-нибудь такой низшей и промежуточной формы могли развиться как животные, так и растения; и, если мы допускаем это, мы должны также признать, что все органические существа, когда-либо жившие на этой земле, могут происходить от какой-то одной первообразной формы. Но этот вывод основан главным образом на аналогии, и неважно, будет он принят или нет. Несомненно, возможно, как настаивал м-р Г. Х. Льюис, что при первом зарождении жизни развилось множество различных форм; но если это так, мы можем заключить, что лишь очень немногие оставили видоизмененных потомков. Ибо, как я недавно заметил в отношении членов каждого великого царства, таких как позвоночные, артикулаты и т. д., мы имеем отчетливые свидетельства в их эмбриологическом, гомологичном,

-- Дарвин, Происхождение видов

Вероятно, он был не первым; Дарвин цитирует предыдущее предположение:

Из недавно изданного циркуляра следует, что д-р Фреке в 1851 г. («Дублин Медикал Пресс», стр. 322) выдвинул доктрину о том, что все органические существа произошли от одной первичной формы. Основания его убеждений и трактовка предмета полностью отличаются от моих; но поскольку д-р Фреке теперь (1861 г.) опубликовал свой «Опыт о происхождении видов посредством органического сходства», трудная попытка дать какое-либо представление о его взглядах была бы с моей стороны излишней.

-- Дарвин, Происхождение видов

Как видите, он не приводит никаких реальных доказательств этого; он прямо говорит, что это предположение. Конечно, для современной эволюционной теории ничего из Дарвина не нужно, и другие группы пытались сделать это более конкретным. Несколько линий доказательств предоставили все больше доказательств универсального общего предка (UCA):

В течение столетия после публикации смелого положения Дарвина, до появления молекулярной биологии, гипотеза УЦА оставалась непроверенной и едва поддающейся проверке гипотезой. Однако сначала универсальность генетического кода, а затем демонстрация (почти) универсальной консервации примерно 100 генов, кодирующих РНК и белки, среди клеточных форм жизни предоставили достаточные доказательства в поддержку УКА. Хотя в целом это свидетельство считается убедительным, оно не соответствует строгой формальной проверке гипотезы UCA.

-- Общее происхождение жизни

Относительно недавний подход пытался использовать теорию информации для формального тестирования UCA:

Здесь я привожу первый, насколько мне известно, формальный, фундаментальный тест UCA, не предполагая, что сходство последовательностей подразумевает генетическое родство. Я проверяю УКА, применяя теорию отбора моделей к молекулярной филогении, сосредоточив внимание на наборе повсеместно консервативных белков, которые считаются ортологичными. Было обнаружено, что среди широкого спектра биологических моделей, включающих независимое происхождение основных таксономических групп, тесты выбора модели в подавляющем большинстве поддерживают UCA независимо от наличия горизонтального переноса генов и событий симбиотического слияния. Эти результаты дают мощные статистические данные, подтверждающие монофилию всей известной жизни.

-- Формальная проверка теории универсального общего происхождения

Формальные положительные доказательства теорий в науке, за исключением математики, редки или вообще отсутствуют (на самом деле происходит то, что конкурирующие теории опровергаются), и я не думаю, что этот подход отличается. Это не формальное доказательство, а еще более убедительное доказательство того, что теории, не связанные с UCA, — отстой.

Формальная демонстрация гипотезы универсального общего предка не была достигнута и вряд ли осуществима в принципе. Тем не менее, доказательства в поддержку этой гипотезы, предоставленные сравнительной геномикой, неопровержимы.

-- Общее происхождение жизни