Консенсусная оптимизация кодонов организмом

Существует ли общедоступная база данных, содержащая эту информацию? Я пытаюсь создать простую программу аннотации генов, которая позволит мне ввести последовательность ДНК, а затем оптимизировать ее на основе одной из этих таблиц, используя , например, предпочтения E. coli .

Похоже на jcat.de
Этот инструмент в значительной степени то, что я собирался. Спасибо.
helixweb.nih.gov/dnaworks также имеет эту функцию. Он также принимает информацию из базы данных об использовании кодонов. Тем не менее, я буду рад видеть любые улучшения в этой области.

Ответы (2)

Попробуйте базу данных об использовании кодонов в Kazusa. Вы можете искать по организму. База данных содержит 35 799 организмов и составлена ​​из 3 027 973 полных генов, кодирующих белок (CDS), но последний раз обновлялась в 2007 году.

Такая база данных - это то, что я искал с точки зрения доступа. JCat кажется мне хорошим инструментом для работы, но я хотел бы попробовать его сам, используя эту базу данных.

Множество программ, выполняющих такие функции. В обзоре открытого доступа 2007 года перечислены >30 таких программ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17882154 . Однако корреляции между «наиболее распространенным» кодоном и выходом экспрессии рекомбинантного белка нет. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21102527 . Таким образом, эти > 30 программ бессмысленны.

Второй вывод интересный. Я бы подумал, что, возможно, это будет иметь значение при использовании микробов в качестве биореакторов, и единственной количественной характеристикой, которая имеет значение, является выход.
Консенсусная оптимизация кодонов организмом
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v