Корреляция некодирующей ДНК с кодирующей ДНК

Я секвенировал первый экзон гена MC1R 15 лабрадоров (геномная ДНК), чтобы найти мутацию потери функции (C.916C>T), и, как и ожидалось, она оказалась там, где и должна была быть (916-я пара оснований). Когда я сравнил SNP с фенотипом собак, я обнаружил вторую мутацию, которая также на 100% коррелировала с фенотипом собак. Мутация расположена за 45 пар оснований до стартового кодона первого экзона. Насколько я понимаю, область, которая находится прямо перед первым экзоном, не должна быть частью кодирующей ДНК. Если да, то почему эта мутация могла быть эволюционно законсервированной? Или я просто ошибаюсь в том, что мутация перед первым экзоном также может быть частью гена MC1R (это означает, что перед первым экзоном должен быть интрон, что я не уверен, возможно ли это)?

Это в регуляторной области гена или в области сплайсинга?
Я секвенировал только первый экзон гена
Это противоречиво. Как можно секвенировать только части, кодирующие белок, и найти мутацию в некодирующей части?
Конечно, я секвенировал немного больше, чем только первый экзон, потому что результаты на концах продукта секвенирования обычно не так ясны.
Экзон @AlexDeLarge не обязательно должен кодировать белок. UTR являются частью экзонов.
Что снова приводит к моему первому вопросу: является ли это регуляторной областью гена (вероятно, нет) или находится в области сплайсинга (что более вероятно)?
@Lukeception, что ты упорядочил? РНК или геномная ДНК?
Позор мне, конечно, вы правы. ;) Тем не менее, @Lukeception должен уточнить, в какой части находится эта вторая мутация.
@Lukeception Если вы не предоставите дополнительную информацию, на этот вопрос нельзя будет ответить. Пожалуйста, добавьте все необходимые данные.
Какой именно регион вы секвенировали? А SNP расположен в интроне за экзоном 1?
Поэтому я секвенировал немного больше, чем первый экзон. поскольку это первый экзон, мутация перед первым экзоном должна быть в некодирующей области ДНК, верно? и да, я секвенировал геномную ДНК.
@Lukeception Добавьте эти детали к вопросу. Отвечать в комментариях было бы бесполезно, поскольку никто не стал бы пролистывать комментарии, чтобы понять вопрос. Кроме того, комментарии не индексируются и поэтому не могут быть найдены в Интернете. Наконец, ваш вопрос должен быть полным сам по себе.
Я что-то упускаю? Разве это не просто второй SNP, очень тесно связанный с интересующей мутацией, поэтому маловероятно его сегрегация? Неравновесие по сцеплению.

Ответы (3)

Если у вас есть 2 разные мутации (независимо от того, где они находятся по отношению к конечному продукту гена), и обе идеально коррелируют с данным фенотипом (и вы отклонили любую другую потенциальную причину), вы не можете формально сказать, если для вашего фенотипа необходима первая мутация, или вторая, или обе мутации. (Хотя вы можете делать обоснованные предположения или полагаться на внешнюю информацию...)

Мутации с потерей функции не обязательно должны быть в области, кодирующей белок (а просто в одной части генома, которая требуется для экспрессии гена в сторону фенотипа).

Полиморфизмы также могут быть нейтральными, особенно у искусственно выведенных/отобранных животных, таких как волкоподобные животные, которых мы теперь называем лабрадорами. Вы могли бы легко представить себе сценарий, в котором у человека присутствовали бы некоторые нейтральные мутации, у которых была бы желаемая / выбираемая мутация. Если эта нейтральная мутация находится в пределах нескольких 100 п.н. от выбранной мутации, маловероятно, что она будет отделена от выбранного признака/мутации.

Область в мРНК выше стартового сайта представляет собой 5'UTR; 5' непереведенная область. Иногда UTR выполняют регуляторные функции. Или мутация UTR может просто появиться и не иметь никакого эффекта. Как правило, вы не можете посмотреть на некодирующий SNP и сказать, работает ли он без какой-либо другой информации, если только он не противоречит одному из первых нескольких оснований известного сайта сплайсинга.

РЕДАКТИРОВАТЬ: я все еще не понимаю. Находится ли мутация в первом экзоне перед стартовым кодоном или выше первого экзона? Сайта сплайсинга выше первого экзона нет.

Просто чтобы уточнить, мутация находится на 45 п.н. выше стартового сайта белка и за пределами первого экзона. (первый экзон не обязательно должен содержать сайт начала белка. Существуют мРНК, где сайт начала белка находится во втором экзоне)

1. Ваша мРНК начинается не там, где вы думаете. Белки млекопитающих имеют несколько изоформ. И, возможно, интересующий вас белок имеет функциональную изоформу с альтернативным стартовым сайтом выше по течению.

2- Лабрадоры являются инбредной линией. Большинство пород собак являются инбредными. Возможно, мутация за пределами экзона просто для удовольствия.

3- Мутация повредила промотор. Ваш ген в порядке. Но поскольку промотор был мутационным, экспрессия гена теперь ниже уровня, необходимого для сохранения нормального фенотипа.

4- Начало первого экзона пропущено. Мутация находится в экзоне, в частности, в 5UTR. И эта мутация каким-то образом повлияла на связывание рибосом.

Корреляция некодирующей ДНК с кодирующей ДНК
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v