Помогите прочитать хроматограмму

Генетическая вариация обнаружена на этой хроматограмме:

Там сказано, что «эталонная последовательность» — это верхняя строка и что я могу использовать общий генетический код, чтобы найти рамку считывания.

Я вижу две буквы N вместо G и C. Однако я не знаю, что это значит. Я также не уверен, как я найду рамку для чтения? Я полагаю, я мог бы искать стартовый и стоп-кодон, но я мог бы прочитать их в обоих направлениях?

Последний вопрос: вероятно ли, что это изменение является патогенным? Я не уверен, как классифицировать вариацию как патогенную или нет.

Ответы (2)

Следы, которые вы получили в результате секвенирования Сэнгера . N в генетике означает нуклеотид (удивительно, правда?). N используется, когда основание в данном месте неизвестно (или может быть любой парой оснований).

В вашем случае у вас есть Ns, потому что программное обеспечение для вызова базы не может определить нуклеотид. Первый N возникает из-за перекрытия двух пиков (сигналы G и A), а второй должен быть C, а не N.

Из того, что я вижу, у вас нет явных мутаций, так что эти изменения вряд ли могут быть патогенными. Мутация может быть вызвана, когда вы знаете, что основание в ссылке изменено в вашем образце, что здесь не так (просто N -> G и N -> C). Сигналы для ваших Ns выглядят очень похожими между вашим эталоном и вашим образцом, поэтому не предполагают мутации.

Для рамки считывания вы должны искать стартовый (ATG) и стоп-кодон (TAG, TAA или TGA), чтобы идентифицировать открытую рамку считывания (ORF). Несколько программ делают это, и вот ссылка на онлайн-инструмент NCBI под названием ORF Finder .

Как вы указали, ORF также может быть в обратной цепи. Вы хотите смотреть не на обратную последовательность, а на обратную дополнительную последовательность. Обычно инструменты для обнаружения ORF имеют возможность просматривать обе нити.

Таким образом, два N, которые вы видите, не обязательно являются вариантами, а, скорее всего, просто некачественным чтением. По сути, когда вы секвенируете ДНК, а секвенсор не может определить, что такое основание, он просто обозначит его N, что означает, что основание может быть любым из четырех оснований ДНК.

Что касается поиска чтения, если вы знаете, что эта последовательность содержит стоп-кодон, это помогает, и просто ищите любую из стоп-последовательностей. Если нет, ищите основания, соответствующие последовательностям кодонов, и если вы получите полную цепь последовательности, которая кодирует аминокислоты, вы, вероятно, будете правы.

Для справки вот ссылка на таблицу кодонов, которая поможет вам расшифровать рамку считывания.

Это помогает?

Да, конечно, не могли бы вы сказать мне, если можете, может ли мутация быть патогенной? И если да, то почему?
Итак, как говорит Кальяри выше, не похоже, что у вас есть какие-либо мутации. Вы не можете назвать N мутацией, потому что это может быть любое основание, в том числе и из эталонного генома.
Помогите прочитать хроматограмму
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v