Позволяет ли анализ ДНК определить количество хромосом?

В настоящее время можно секвенировать ДНК вымерших видов, таких как неандертальцы, денисовцы и другие.

Можно ли определить только по секвенированной ДНК или по известным костным фрагментам, сколько хромосом было у индивидуума (или вида, представленного индивидуумом)?

Ответы (1)

Это полностью зависит от качества ДНК. Поскольку каждая хромосома представляет собой очень длинную цепь ДНК, у вымерших видов очень часто встречаются разрывы и недостающие участки из-за деградации с течением времени.

Если полное чтение ДНК отсутствует, определение числа хромосом невозможно.

Предполагая, что присутствует полное чтение (охватывающее все разрывы) ДНК, можно найти теломеры каждой хромосомы, и, поскольку каждая хромосома обычно имеет только один набор теломер, это может быть полезно для определения числа хромосом.

Предупреждение 1: Хромосома 2 (человека) является примером того, как этот метод может потерпеть неудачу, поскольку недавно слитая хромосома все еще будет иметь тандемные повторы, характерные для теломер.

Предостережение 2: длина теломер может различаться в зависимости от возраста клетки, а также быть разорванными в нескольких областях. Из-за природы тандемных повторов теломер практически невозможно различить эти разные состояния экспериментально.

Если бы у вас было полное покрытие (я не уверен, насколько это распространено), разве вы не смогли бы собраться на реликтовых теломерах, таких как в Chr 2? Предположительно, именно так они и выяснили, что человеческая Chr 2 изначально была одной хромосомой? Точно так же я полагаю, что другой вариант (при условии полного охвата) будет заключаться в том, чтобы просто собрать и подсчитать, сколько последовательностей создается (больше размера x).
В настоящее время обнаружение хромосом, по-видимому, все еще в значительной степени основано на кариотипировании и FISH. Реликтовая ДНК обычно сильно фрагментирована сама по себе, несмотря на полное чтение (100% охват), и если ДНК разорвется между двумя теломерами во всех взятых последовательностях дробовика, будет почти невозможно отличить одну от другой.
Да, это имеет смысл. Однако не означает ли это, что фрагментация также препятствует полному обнаружению теломер при секвенировании? т.е. внутри теломер может быть фрагментация или соединение теломер с нетеломерными областями?
Да, это было бы. Это нетривиальная проблема при секвенировании, особенно для областей тандемных повторов, и тот факт, что длина теломер меняется в зависимости от числа клеточных делений, только усугубляет проблему. На самом деле, ваша точка зрения является хорошим дополнением к ответу.
Спасибо. Еще одна вещь, о которой я подумал, это использовать синтению с близкими родственниками, но я думаю, что это обман.
Позволяет ли анализ ДНК определить количество хромосом?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v