Мой вопрос тесно связан с этим постом .
Существует ряд существующих платформ для выполнения численного индивидуального моделирования в генетике популяций. Практически исчерпывающий список таких платформ можно найти здесь .
Некоторые программы (например, NEMO или SFS_CODE) выполняют прямое моделирование, в то время как другие (например, SIMCOAL2) выполняют обратное моделирование (объединение).
Я прошу общего сравнения между этими двумя методами.
Все ваши интуиции кажутся правильными. Коалесцентное моделирование должно быть быстрее, потому что вы не отслеживаете всю историю популяции за все t поколений, как в прямом моделировании. Скорее, когда вы работаете в обратном направлении во времени, вы отслеживаете меньшую и небольшую популяцию. И при коалесцентном моделировании, вероятно, очень сложно включить весь спектр эволюционных процессов, в то время как это более или менее тривиально при прямом моделировании.
В статье 2008 года Карвахаль-Родригес более подробно рассматриваются некоторые вопросы, которые я здесь рассматриваю.