Разница между CDS и кДНК

В чем разница между кодирующими последовательностями (CDS) и кДНК?

Являются ли кодирующие последовательности последовательностями, которые транскрибируются в мРНК и кДНК, в отличие от ДНК, полученной путем обратной полимеризации зрелой мРНК?

Ответы (2)

Разница сводится к непереведенным регионам . CDS или кодирующая последовательность — это часть транскрипта, которая фактически транслируется в белок. Поэтому CDS (почти) всегда начинается с кодона AUG и останавливается на одном из трех кодонов STOP (UAA, UGA, UAG).

Однако транскрипт (обратите внимание, что я имею в виду зрелые транскрипты, которые уже подверглись сплайсингу, поэтому интроны были удалены) также будет содержать UTR, которые на самом деле не транслируются в белок. Последовательность кДНК получается из транскрипта путем обратной транскрипции и, следовательно, также будет содержать 5'- и 3'-UTR. Например, посмотрите на эту схематическую диаграмму несплайсированного транскрипта:

введите описание изображения здесь

CDS гена, изображенного на изображении выше, будет содержать только ATG, STOP и две зеленые области (экзоны). кДНК будет содержать все это и, кроме того, две UTR. Конечно, и кДНК, и CDS не будут содержать интронов.

На самом деле экзоны включают 5'UTR, CDS и 3'UTR. И CDS не должен включать кодон STOP, так как он не транслируется в аминокислоту. Ваша диаграмма не очень точна в отношении того, где вы рисуете экзон 1 и экзон 2.
@olala это просто простая диаграмма, иллюстрирующая существование UTR. Да, конечно, они экзонические, но здесь это не совсем уместно. Что касается CDS, то он также включает в себя стоп-кодон. Во-первых, потому что остановки распознаются специфическими тРНК, как и любой другой кодон, и потому, что это принято в этой области. См., например, описанную здесь CDS: p53.iarc.fr/p53Sequence.aspx .
я не согласен с CDS и стоп-кодоном. Если вы посмотрите на аннотации формата GTF, в них стоп-кодон указан отдельно от CDS, см. пример из этого поста внизу страницы: mblab.wustl.edu/GTF22.html , также см. этот пост Иствана, ответ biostars.org/ стр/65162

Определение последовательности кодирования, на мой взгляд, немного сбивает с толку. На самом деле это последовательность ДНК в гене, которая имеет ту же последовательность, что и соответствующая мРНК (за исключением того, что у нее есть T вместо U). Теперь вы часто будете встречать определения, в которых говорится, что кодирующая последовательность — это транскрибируемая ДНК , но это не совсем правильно, потому что во время транскрипции РНК-полимераза фактически копирует (транскрибирует) другую цепь ДНК (то есть ту, которая транскрибируется). комплементарный кодирующей последовательности). И я бы сделал еще один шаг и сказал, что кодирующая последовательность исключает интроны. Вы также можете обратиться к цепи кодированияДНК, чтобы охватить всю единицу транскрипции, включая интроны, как способ обозначения цепи, несущей кодирующую последовательность.

Вы правы в своем определении кДНК (за исключением ее обратной транскрипции, а не обратной полимеризации). Полноразмерная последовательность кДНК для гена, кодирующего белок, будет охватывать CDS, но, как указывает @terdon в своем комментарии, также будет включать нетранслируемые области на 5'- и 3'-концах.

так будет ли разница в последовательности данного гена среди его CDS и кДНК?
Последовательность CDS не идентична последовательности кДНК. Это будет иметь место только для генов без областей UTR.
Да, @terdon прав - я настолько ориентирован на белок, что проглядел это. Таким образом, последовательность кДНК будет охватывать CDS. Добавлю поправку к ответу.
Разница между CDS и кДНК
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 4v