Скелетные водородные связи между соседними аминокислотами в белке?

Ситуация, о которой вы спрашиваете, изначально была частью ленточных структур 2 ₇ и спиральных структур 2,2 _{7 , которые химики-белки (Лайнус Полинг?) рассматривали как возможные варианты в 50-х или 60-х годах.} Диаграмма ниже, показывающая ленту, взята из классического текста (давно вышедшего из печати) «Структура и действие белков» Дикерсона и Гейса.

Оказывается, это очень редко встречается в белках. Чтобы понять почему, нужно вспомнить условия образования водородных связей в белках. Для водородных связей между пептидными связями это будет:

• Правильное расстояние между водородом NH и O CO (слишком далеко друг от друга — связь слабая, слишком близко — отталкивание).
• Ближний линейный угол NH и OC.
• Отсутствие стерического отталкивания других атомов в структуре

Расчеты показали, что спираль 2,2 ₇ будет менее натянута, чем лента 2 ₇ :

Игра с полиглицином в Исследователе сюжетов Рамачандрана Боско Хо ( Rama ) показывает, что в этой структуре все еще существует стерическое отталкивание (белые полосатые соединители):

Я смог найти только одно сообщение об этой структуре, и это было в искусственном пептиде Ac-(∆ELeu)5-NHMe, с моделью, использующей двугранные углы Φ,Ψ ок. –60°, 30° (как в симуляции Рамы ), показанные ниже:

Следует отметить, что это положение графика Рамачандрана находится на грани стабильности, и я ожидаю, что связывание произойдет только в белках, где оно было стабилизировано другими взаимодействиями (как в этом искусственном пептиде), и никакая более низкая энергетическая структура была невозможна. .