Что такое ароматическая клетка и для чего она нужна?

Эпигенетика, 2 изд., глава 3.6:

Точно так же метилированные остатки лизина, встроенные в хвосты гистонов, могут быть прочитаны «ароматическими клетками», присутствующими в хромодоменах, или аналогичными доменами (например, MBT, Tudor), содержащимися в комплексах, которые облегчают события, модулирующие хроматин ниже по течению (см. гл. 7 [Patel 2014] для структурное понимание

Я понимаю, что это что-то вроде белкового мотива, но я не могу найти хорошее определение с помощью Google.

гугление «ароматическая клетка хромодомена» приводит к этой статье: «Эпигенетические достоинства хромодоменов» (Crit Rev Biochem Mol Biol. 2011 Dec; 46 (6): 507–526.), в которой «ароматическая клетка» упоминается как «Структура хромодомена HP1». связанный с лизиновым 9-метилированным хвостом гистона H3». (Наука. 2002; 295: 2080–2083.). См. рисунок 3c в первой статье: «Пептид расположен на малой бороздке ДНК, а его метиллизин вставлен в ароматическую клетку с четырьмя остатками».
Фраза из той же книги: ...The chromodomain forms an aromatic cage that has been well documented as a specific binding pocket to methylated histone residues.

Ответы (1)

Он относится к структурам в домене PHD-пальцев и хромодоменах. Остатки ароматических аминокислот образуют клетку, подобную структуре, которая покрывает метилированный аммоний лизина и взаимодействует с ним посредством катион-пи-взаимодействия.

Структуры BPTF-PHD раскрывают основные характеристики пальцев PHD, которые могут читать H3K4me3. Связывание происходит через ароматическую клетку, в которой триметиламмониевая группа стабилизирована ван-дер-ваальсовым и катион-π-взаимодействием, подобным тем, которые наблюдаются в хромодоменных , МБТ, PWWP и Тюдоровских доменах. Эта ароматическая клетка состоит из одного остатка Trp и трех остатков Tyr; и у него три лица и «крышка», выходящая за кончик H3K4me3. Установленные впоследствии структуры других пальцев в комплексе с пептидами H3K4me3 показывают, что клетка варьирует и может содержать комбинацию от двух до четырех ароматических и гидрофобных остатков.

введите описание изображения здесь Маргерон и др., 2009 г.

Интересно, что на изображении слева клетка поддерживается 7-пропеллерной складкой, но она также обнаружена в этом минимальном домене PHD-пальца (например, 1WEN), который намного меньше. Круто.
Что такое ароматическая клетка и для чего она нужна?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v