Мы часто можем думать о клетках как о цепи на макромолекулах и можем показать, что они могут точно и надежно выполнять такие функции , как (возвращаться если больше половины является а также иначе) в естественных условиях (Cardell & Csikász-Nagy, 2012).
Не все функции одинаковы. это логическая функция, которая если ровно один из или же является а также иначе (т.е. если ). Это часто обобщается на четность (или нечетность) функции с несколькими входами как который возвращает если нечетное количество является . Обратите внимание, что это внешне похоже на но считает в базе 2, что, как можно было бы ожидать, будет проще, скажем, для конечных автоматов.
Однако в некотором смысле эта чувствительность значительно усложняет функцию до такой степени, что Валиант (2009) пишет :
[Паритет] кажется биологически неестественным. Именно это и предсказывает наша теория, утверждающая, что эволюция не может основываться на эволюционируемости [класс функций, к которому принадлежит четность]
Синтетические биологи в какой-то степени соглашались с Tamsir et al. (2011), написав, что тесно связанный XNOR (т.е. ) реализовать эмпирически невозможно. Однако они оказались ошибочными , когда Bonnet et al. (2012) внедрили XNOR среди многих других амплифицирующих вентилей, используя структуру и процесс транскрипции. К сожалению, это пример из синтетической биологии, и я очень хочу изучить те (если они есть), которые встречаются в природе.
Существуют ли какие-либо примеры XOR или связанных с ними ворот, реализованных (без участия человека) на клеточном уровне? Существуют ли какие-либо естественные молекулярные пути, которые вычисляют что-то похожее на четность? (т.е. что-то похожее на результат большинства, но для более «чувствительной» функции) Меня в первую очередь интересуют эмпирические демонстрации, но я бы удовлетворился теоретическими примерами, привлекательными для биологов (т.е. не чем-то чисто комп. -системы или что-то в этом роде).
Боннет Дж., Инь П., Ортис М.Е., Субсонторн П. и Энди Д. (2013). Усиление генетических логических ворот. Science , 340(6132): 599-603. PMID: 23539178
Карделли Л. и Чикас-Надь А. (2012). Переключатель клеточного цикла вычисляет приблизительное большинство. Научные отчеты , 2: 656. PMID: 22977731
Тамсир, А., Табор, Дж. Дж., и Фойгт, Калифорния (2011). Надежные многоклеточные вычисления с использованием генетически закодированных вентилей НЕ-ИЛИ и химических проводов. Природа , 469(7329), 212-215.
Valiant, LG (2009) Возможность развития. Журнал ACM , 56(1): 3-22.
Когда я думаю о вашем вопросе о естественных примерах XOR, это заставляет меня задуматься о том, какой тип естественной среды (например, эволюционное давление) привел бы к выбору эквивалента XOR.
Когда мы реализовали синтетическое исключающее ИЛИ путем «двойного переключения» одного терминатора транскрипции в качестве типа «запорного клапана» экспрессии гена, я не знал ни одного естественного примера переключения терминаторов, тогда как я знаю несколько примеров естественного переключения. промоутеры.
Почему у нас есть множество естественных примеров переворачивающихся промоутеров, но (по крайней мере мне неизвестных) до сих пор нет харизматических примеров естественно переворачивающихся терминаторов?
Возможно, мы искали их не в тех условиях?
Например, чтобы терминатор существовал в природе, должно быть что-то, что должно быть выражено выше по течению от терминатора, а также что-то, что не должно быть выражено ниже по течению от терминатора. Поскольку существует множество терминаторов, должно быть множество примеров естественного отбора терминаторов. Мой любимый пример — это терминатор «Tø» в фаге Т7, который находится сразу после главного капсидного гена (высокая экспрессия), но сразу перед второстепенным белком частицы (слабая экспрессия).
Но теперь рассудите, что должно быть правдой, чтобы выбрать переворот терминатора. Мне потребуются все требования статического терминатора (см. выше), а затем еще одно такое сочетание селективных требований в различных условиях окружающей среды для дополнительных генных продуктов, закодированных в противоположном направлении на комплементарной цепи ДНК. Фу!
Я не говорю, что невозможно представить себе такое сложное сочетание требований отбора, возникающее в природе, но определенно кажется гораздо более невероятным объединение давления отбора, чтобы смешать все в одном генетическом локусе.
Тем не менее, мне все еще очень любопытно, и я был бы признателен, если бы узнал о любых естественных примерах. -DE
Джонатан Ван Матре
Артем Казначчеев
А. Кеннард
WYSIWYG
Артем Казначчеев
Артем Казначчеев
взн
WYSIWYG
A = left to right gradient, B = right to left gradient
...and
выход определяется как паттерн миграции/развития клетокthen
, реализуется вентиль XOR, посколькуA=1,B=1
он не будет создавать градиент для реакции клетки.WYSIWYG
суперлучший