Естественные примеры функций XOR на клеточном уровне

Мы часто можем думать о клетках как о цепи на макромолекулах и можем показать, что они могут точно и надежно выполнять такие функции , как МАЙ ( Икс 1 , . . . , Икс н ) (возвращаться 1 если больше половины Икс 1 , . . . , Икс н является 1 а также 0 иначе) в естественных условиях (Cardell & Csikász-Nagy, 2012).

Не все функции одинаковы. исключающее ИЛИ ( Икс , у ) это логическая функция, которая 1 если ровно один из Икс или же у является 1 а также 0 иначе (т.е. если Икс знак равно у ). Это часто обобщается на четность (или нечетность) функции с несколькими входами как СТРАННЫЙ ( Икс 1 , . . . , Икс н ) который возвращает 1 если нечетное количество Икс 1 , . . . , Икс н является 1 . Обратите внимание, что это внешне похоже на МАЙ но считает в базе 2, что, как можно было бы ожидать, будет проще, скажем, для конечных автоматов.

Однако в некотором смысле эта чувствительность значительно усложняет функцию до такой степени, что Валиант (2009) пишет :

[Паритет] кажется биологически неестественным. Именно это и предсказывает наша теория, утверждающая, что эволюция не может основываться на эволюционируемости [класс функций, к которому принадлежит четность]

Синтетические биологи в какой-то степени соглашались с Tamsir et al. (2011), написав, что тесно связанный XNOR (т.е. ИСКЛЮЧАЮЩЕЕ ИЛИ ( Икс , у ) знак равно 1 исключающее ИЛИ ( Икс , у ) ) реализовать эмпирически невозможно. Однако они оказались ошибочными , когда Bonnet et al. (2012) внедрили XNOR среди многих других амплифицирующих вентилей, используя структуру и процесс транскрипции. К сожалению, это пример из синтетической биологии, и я очень хочу изучить те (если они есть), которые встречаются в природе.

Существуют ли какие-либо примеры XOR или связанных с ними ворот, реализованных (без участия человека) на клеточном уровне? Существуют ли какие-либо естественные молекулярные пути, которые вычисляют что-то похожее на четность? (т.е. что-то похожее на результат большинства, но для более «чувствительной» функции) Меня в первую очередь интересуют эмпирические демонстрации, но я бы удовлетворился теоретическими примерами, привлекательными для биологов (т.е. не чем-то чисто комп. -системы или что-то в этом роде).


использованная литература

Боннет Дж., Инь П., Ортис М.Е., Субсонторн П. и Энди Д. (2013). Усиление генетических логических ворот. Science , 340(6132): 599-603. PMID: 23539178

Карделли Л. и Чикас-Надь А. (2012). Переключатель клеточного цикла вычисляет приблизительное большинство. Научные отчеты , 2: 656. PMID: 22977731

Тамсир, А., Табор, Дж. Дж., и Фойгт, Калифорния (2011). Надежные многоклеточные вычисления с использованием генетически закодированных вентилей НЕ-ИЛИ и химических проводов. Природа , 469(7329), 212-215.

Valiant, LG (2009) Возможность развития. Журнал ACM , 56(1): 3-22.

Benenson (2012) также предлагает синтетический пример. nature.com/nrg/journal/v13/n7/fig_tab/nrg3197_F6.html Я оставлю ответ на ваш основной вопрос о природных примерах настоящим экспертам. Я всего лишь самый зеленый из дилетантов в этой области.
@JonathanVanMatre спасибо, это интересная статья. Хотя кажется, что они реализуют XOR через несколько ячеек, работающих вместе с вентилями NOR в качестве примитивов. Я посмотрю на это, может быть, они обсуждают какие-то натуральные аналоги. Я думаю, что все синтетические примеры предполагают, что вполне разумно ожидать натурального.
Что мне интересно, так это то, что нетрудно придумать реализации ворот XOR, которые звучат биологически правдоподобно: ген X активируется двумя отдельными активаторами A и B. При одновременном присутствии A и B сильно связывают друг друга таким образом. что их ДНК-связывающие домены окклюзированы, что снижает транскрипцию X. Это могло бы быть негерметичным входом XOR, но с биологической точки зрения это кажется вполне правдоподобным. Но мой беглый поиск не дал многого о конкурирующих транс -активаторах, способных к гетеродимеризации...
Можно придумать эмпирические примеры, но существуют ли естественные примеры или нет, зависит от полезности вентиля XOR в биологических системах. Учитывая типичное применение XOR, я не вижу, где ячейке нужен двоичный сумматор. Если мы найдем применение, мы найдем и пример. Кто-нибудь может подумать о его применении?
@WYSIWYG, какие эмпирические примеры вы имеете в виду? Они все еще из синтетической биологии? Прямо сейчас я следую некоторым указаниям, изучая механизмы совместного ингибирования в Т-клетках , но недостаток знаний (и другие обязательства) замедляют мой прогресс. Я не уверен, что нам обязательно нужно искать двоичные сумматоры. Это просто особый способ думать об этом. Однако, если мы хотим пойти по маршруту сумматоров, тогда база не имеет значения, подойдет любое простое число, поэтому приложение может отслеживать время/сезон/период.
@WYSIWYG Имейте в виду, что часы / счетчик - не такая уж хорошая аналогия, поскольку мы хотим, чтобы схема объединяла несколько разных входных проводов / сигналов, а не просто отслеживала один.
напоминает мне модель Маккаллоха-Питтса 1940-х годов. вероятно, можно было бы найти (несколько сильную) критику этой модели в литературе (в основном как слишком простую).
@ArtemKaznatcheev .. под эмпирическим я имел в виду способность инженера. Однако я вижу ситуацию, когда XOR может найти роль, но не уверен, что ворота существуют. Градиент морфогена/хемокина: если A = left to right gradient, B = right to left gradient... andвыход определяется как паттерн миграции/развития клеток then, реализуется вентиль XOR, поскольку A=1,B=1он не будет создавать градиент для реакции клетки.
@ArtemKaznatcheev .. На самом деле у меня также есть предчувствие, что активация лимфоцитов является вероятным местом, где используется логика XOR. Я нашел еще один пример : нельзя назвать это идеальным XOR Gate... но в исследовании говорится, что комбинация нескольких антибиотиков на самом деле плохо справляется со своей задачей по сравнению с лечением одним препаратом. Несколько близко ... * PS: пожалуйста, дайте мне знать, как сумматоры могут отслеживать период и записывать любое простое число (это просто увеличивает количество битов правильно. Пожалуйста, перешлите мне тексты об этом, если можете. Спасибо)
Многие гены, специфичные для пола, существуют практически в состоянии XOR. То же самое для спецификации клеточной судьбы. Дельта-выемка и нейрогенин могут быть примерами, хотя они не являются автономными клетками.

Ответы (1)

Когда я думаю о вашем вопросе о естественных примерах XOR, это заставляет меня задуматься о том, какой тип естественной среды (например, эволюционное давление) привел бы к выбору эквивалента XOR.

Когда мы реализовали синтетическое исключающее ИЛИ путем «двойного переключения» одного терминатора транскрипции в качестве типа «запорного клапана» экспрессии гена, я не знал ни одного естественного примера переключения терминаторов, тогда как я знаю несколько примеров естественного переключения. промоутеры.

Почему у нас есть множество естественных примеров переворачивающихся промоутеров, но (по крайней мере мне неизвестных) до сих пор нет харизматических примеров естественно переворачивающихся терминаторов?

Возможно, мы искали их не в тех условиях?

Например, чтобы терминатор существовал в природе, должно быть что-то, что должно быть выражено выше по течению от терминатора, а также что-то, что не должно быть выражено ниже по течению от терминатора. Поскольку существует множество терминаторов, должно быть множество примеров естественного отбора терминаторов. Мой любимый пример — это терминатор «Tø» в фаге Т7, который находится сразу после главного капсидного гена (высокая экспрессия), но сразу перед второстепенным белком частицы (слабая экспрессия).

Но теперь рассудите, что должно быть правдой, чтобы выбрать переворот терминатора. Мне потребуются все требования статического терминатора (см. выше), а затем еще одно такое сочетание селективных требований в различных условиях окружающей среды для дополнительных генных продуктов, закодированных в противоположном направлении на комплементарной цепи ДНК. Фу!

Я не говорю, что невозможно представить себе такое сложное сочетание требований отбора, возникающее в природе, но определенно кажется гораздо более невероятным объединение давления отбора, чтобы смешать все в одном генетическом локусе.

Тем не менее, мне все еще очень любопытно, и я был бы признателен, если бы узнал о любых естественных примерах. -DE