Куда поместить ген после эукариотического промотора для достижения наилучших уровней экспрессии?

Насколько я знаю, существует оптимальное расстояние между промотором и геном для наилучших уровней экспрессии. Каково это расстояние для обычных промоутеров, таких как CMV, SV40? Если у вас есть личный опыт в этом (например, если вы клонировали ген ниже промотора и не видели/видели экспрессию) и поделитесь им, я буду признателен.

Если у вас есть исчерпывающие знания о других промоутерах, пожалуйста, не стесняйтесь добавлять их в список; они не должны быть общими. Я просто хочу услышать опыт людей по этому вопросу.

достаточно линкера длиной 10 пар оснований. Из всех ваших других постов я понял, что вы пытаетесь построить синтетическую систему. Моя личная стратегия для таких вещей состоит в том, чтобы подобрать последовательности векторов в вашей лаборатории, которые, как вы знаете, работают достаточно хорошо.
Эукариоты довольно общие - разные эукариоты имеют совершенно разные системы регуляции. Вы говорите о чем-то вроде человека или о чем-то вроде дрожжей?
Взгляните на последовательности некоторых распространенных/популярных векторов для вашего целевого организма. Как указал WYSIWYG, он не обязательно должен быть очень большим, и он может несколько варьироваться в зависимости от того, где на сайте множественного клонирования вы вставляете интересующий вас ген.
Спасибо всем за ваши комментарии. Я обратил внимание на другие распространенные конструкции и решил оставить около 40 п.н. между промотором и кодоном инициации (это было минимальное расстояние, которое я мог оставить из-за ограничений сайта рестрикции). @Bitwise, я использую клетки млекопитающих (в частности, клетки фибробластов и MDCK).

Ответы (1)

Я использовал pEYFP-N1 (исходный вектор), где расстояние между промотором CMV и стартовым кодоном EYFP составляет ~ 88 нуклеотидов, а экспрессия высокая.

Я также клонировал белок 5' EYFP, всего через 4 нуклеотида после промотора CMV. Выраженность этого слияния также была высокой. Поскольку я использовал только химерный белок в экспериментах, я не пытался оценить различия в экспрессии EYFP.

Если вы посмотрите здесь: https://synbiota.com/projects/19/sequences , вы увидите базовый вектор pEYFP-N1 и разделение между промотором CMV и кодирующей последовательностью EYFP.

В вики: «Элемент TATA и BRE обычно расположены близко к месту начала транскрипции (обычно в пределах 30–40 пар оснований)».

Куда поместить ген после эукариотического промотора для достижения наилучших уровней экспрессии?
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v