Я сравниваю уровни экспрессии микроРНК в 3 разных группах, но у меня мало денег и времени. Мне нужно получить некоторые предварительные результаты, чтобы начать фактическое исследование, поэтому я решил объединить свои образцы и получить результаты для 372 микроРНК, а затем, если какая-либо из них проявит заметную дифференциальную экспрессию, я буду исследовать уровни экспрессии этих микроРНК-кандидатов в более крупных масштабах. группы. Но я не могу решить, как сгруппировать образцы для объединения. Должен ли я выбрать 3 отдельных образца для каждой из 3 групп (всего 9 образцов) или мне следует выделить общую РНК для каждого образца для каждой группы, создать 3 пула РНК, а затем просто выполнить три повторения для каждого пула? Время и деньги, потраченные в обеих ситуациях, будут одинаковыми. Я думаю, что второй метод более подходит, но я боюсь, что он может привести к некоторым заниженным значениям p, что приведет к ложному открытию.
Должен ли я выбрать 3 отдельных образца для каждой из 3 групп (всего 9 образцов) или мне следует выделить общую РНК для каждого образца для каждой группы, создать 3 пула РНК, а затем просто выполнить три повторения для каждого пула?
Зависит от характера ваших образцов. Как правило, объединение усредняет экспрессию разных людей. Объединение обычно выполняется, когда у вас низкий выход РНК на отдельный образец. Если это не так, вам следует выбрать несколько человек из каждой группы (трех должно быть достаточно, но лучше больше). Это позволит вам узнать межиндивидуальные/выборочные вариации внутри группы. Вы, в свою очередь, можете настроить три технических повтора для количественной ПЦР для измерения технических вариаций. Таким образом, всего у вас будет 27 ПЦР-реакций. Это будет не очень дорого (если только вы не используете TaqMan, как анализ. Даже в этом случае иногда работа с большим количеством образцов позволяет вам сэкономить количество реагента, используемого на образец.