Я работаю над проектом, в котором ворота XOR строятся за счет того, что два рибозима с головкой молотка одновременно расщепляют друг друга, когда оба экспрессируются, но эти рибозимы расщепляют транскрипт-мишень, когда экспрессируются по отдельности. Было ли когда-нибудь в литературе показано, что рибозим с головкой молота был способен расщеплять боковые отростки другого рибозима?
[ Ради ответа на вопрос, на который давно нет ответа ]
Могут ли два рибозима-молота одновременно расщеплять друг друга?
Да в принципе могут.
два рибозима с головкой молота одновременно расщепляют друг друга, когда оба экспрессируются, но эти рибозимы расщепляют транскрипт-мишень, когда экспрессируются по отдельности.
Это может быть реализовано только тогда, когда рибосомы имеют более высокое сродство друг к другу, чем к мишени. Как вы сказали в комментарии, вставка нескольких несоответствий во взаимодействие рибозим-мишень может сработать. Возможно, вам придется заметить, что, поскольку два рибозима комплементарны друг другу, но расщепляют одну и ту же мишень, целевые последовательности образуют набор из двух взаимно комплементарных областей. Если разделить достаточно хорошо, не может быть большой проблемы. Исходя из вашей стратегии дизайна, я предполагаю, что UTR - лучшее место для хранения целевой последовательности рибозима. Если вы сохраните обе целевые последовательности в 3'UTR (скажем), тогда они могут образовать структуру шпильки, которая может мешать нацеливанию. Таким образом, вы можете вставлять несоответствия, которые также дестабилизируют возможную шпильку.
Было ли когда-нибудь в литературе показано, что рибозим с головкой молота был способен расщеплять боковые отростки другого рибозима?
Еще нет. Примеры саморасщепления есть, но нет взаиморасщепляющих.
WYSIWYG
ЛэнсЛафонтен