О какой закономерности можно узнать из данных подсчета последовательностей РНК и матрицы HiC? [закрыто]

Теперь у меня есть некоторые данные о подсчете последовательностей РНК и соответствующей матрице Hi-C сегмента гена на хромосоме. В основном меня беспокоит то, что мы можем сделать с этими данными, чтобы установить связь между двумя типами данных, такими как уровень экспрессии сегмента гена и взаимодействие сегмента гена, поскольку кажется, что они коррелируют. Спасибо

Может быть, начать с некоторых учебников? Это выглядит интересно: jove.com/video/1869/… Кроме того, вы не проделали никакой фоновой работы по своему вопросу, поэтому не ожидайте существенного ответа.
Вы должны быть более четкими, чем это. Есть много вещей, которые вы можете сделать с данными. Эксперимент проводится для проверки какой-либо гипотезы. Имея только данные и не задавая вопросов, вы можете рассчитать любую вещь. Это может быть даже сравнение точности секвенирования между двумя видами методов. Главное, что вы хотите найти?

Ответы (1)

Мне кажется, это две независимые части данных. mRNA seq позволяет (в случае линейной амплификации) количественно определить транскрипты мРНК интересующих генов. то есть, сколько копий мРНК для данного гена находится в клетке в данный момент. В конечном счете, насколько активен этот ген. В нейронах разные гены будут более активны, чем в эпителиальных клетках, и наоборот. Генетический паттерн экспрессии обеспечивает идентичность клетки.

Метод Hi-C, тесно связанный с захватом конформации хромосом , отвечает на вопрос: какие гены физически взаимодействуют в ядре через стабилизирующие белки (например, энхансеры). В видео больше , но общая идея в том, что оно позволяет увидеть, как гены расположены внутри сложного хроматина. Поскольку многие генетические элементы могут физически взаимодействовать, например, через энхансеры, 3C/Hi-C позволяет обнаруживать такие взаимодействия. Или, по крайней мере, количественная оценка корреляции между физическими позициями двух генов.

Теперь единственная прямая связь между последовательностью мРНК и Hi-C, которую я могу провести, следующая логика: активно транскрибируемые гены расположены в расширенных, менее напряженных областях хроматина. Следовательно, будет трудно сшивать гены в таких регионах, и корреляция будет низкой. Молчащие гены, если они расположены близко в ядре, с большой вероятностью будут сшиты, так как вокруг нетранскрибируемых генов хроматин более плотный.

HiC и 3C (захват конформации хромосомы) не определяют, какие гены расположены рядом в хромосоме. Эти методы фиксируют дальнодействующие ДНК-ДНК-взаимодействия, такие как взаимодействия между энхансерами и промоторами. В основном он захватывает стабильные петли ДНК.
Будет ли справедливо сказать, что такие методы обнаруживают физическую близость в хроматине? Я понимаю, что они не о положении в хромосоме
да, они делают. На самом деле регуляция транс-ДНК также изучалась, но эти взаимодействия должны быть стабилизированы каким-то фактором, который обычно является белком.
RNA-Seq позволяет измерять стационарные уровни транскрипта в клетке или ткани в определенный момент времени (усредненные по всем клеткам, которые были собраны и лизированы).
О какой закономерности можно узнать из данных подсчета последовательностей РНК и матрицы HiC? [закрыто]
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v