Недавно я прочитал статью о том, как ДНК-штрих-кодирование использовалось для идентификации видов, присутствующих в товарах для здоровья.
Я также читал статью о том, как ПЦР в реальном времени использовался для идентификации видов мяса в мясных продуктах.
Мне любопытно, почему один метод используется вместо другого. Я знаю, что ДНК-штрихкодирование использует митохондриальную ДНК для обнаружения видов, а ПЦР в реальном времени использует видоспецифичные праймеры для обнаружения видов.
Правильно ли я думаю, что ПЦР в реальном времени не может идентифицировать неизвестные виды, но может сказать вам, соответствует ли ДНК конкретному виду, который вы ищете? Например, если я проведу тест на E. zebra , но обнаружу что-то еще, я не смогу идентифицировать этот неизвестный вид и потребуется дополнительное тестирование?
В то время как при штрих-кодировании ДНК все, что я делаю, — это сопоставляю результаты с огромным списком известных видов в базе данных, что означает, что я могу идентифицировать неизвестные виды, не предоставляя никаких предварительных знаний?
Вы проделали довольно приличную работу, ответив на свой вопрос, но есть несколько вещей, которые можно уточнить.
Общепринято использовать митохондриальный ген цитохром-С-оксидазы 1 ( COI ) для штрих-кодирования животных и гены хлоропластов ( rbcL , matK и trnH-psbA ) для растений. Три основные причины выбора этих генов: 1) их повсеместное распространение; 2) наличие большого количества копий на клетку, что упрощает ПЦР-амплификацию последовательностей; и 3) митохондриальная и пластидная ДНК имеют гораздо более высокую скорость мутаций, чем ядерная ДНК, что позволяет уникально штрих-кодировать очень близкородственные организмы. Этот метод невероятно чувствителен, надежен и прост. Оригинальную публикацию о штрихкодировании ДНК можно найти по адресу doi: 10.1098/rspb.2002.2218.
Благодаря усилиям таких консорциумов, как CBOL , BOLD и iBOL , в настоящее время в базе данных содержится много миллионов эталонных последовательностей, охватывающих почти все многоклеточные организмы, с которыми вы когда-либо сталкивались (при условии, что вы не работаете с глубокой последовательностью или чем-то еще). ).
Как вы говорите в своем посте, использование количественной ПЦР для идентификации видов имеет значительные ограничения. Вы должны заранее знать, что именно вы ищете, и у вас остается простое «да-нет». Однако это не означает, что для количественной ПЦР вообще нет места в игре по идентификации видов. Метод очень быстрый, и в тех случаях, когда вас интересует обнаружение только одного вида или небольшого количества видов, он намного удобнее, чем секвенирование ДНК (например, при контроле качества на мясокомбинате, doi: 10.1080 ). /02652030701584041 ).
ДНК-штрихкодирование — это метод или протокол, который, как вы уже упоминали, использует генетические маркеры для идентификации видов. Штрих-коды можно «сканировать» с помощью ПЦР.
Теперь ПЦР в реальном времени — это просто количественная версия ПЦР. Вам не нужно это искать качественные аспекты. Однако в смешанной пробе вы можете рассчитать процентное содержание пробы по каждому виду, используя ПЦР в реальном времени.
Крис