уравнение Михаэлиса-Ментен; как найти константы из экспериментальных результатов ферментативной активности?

Мне было интересно, что на самом деле означают константы в уравнении Михаэлиса-Ментен в экспериментальных данных ферментов. Как обработать данные, чтобы найти Km и Kcat?

Я провел эксперимент с каталазой и ее расщеплением перекиси водорода. Я использовал датчик давления газа, чтобы отслеживать, сколько O2 было произведено в результате реакции с течением времени. Ниже приведен пример необработанного графика того, что я нашел. Точка 0 — это когда я положил субстрат и началась реакция (поэтому я думаю, что могу назвать это «максимальной концентрацией субстрата» — на графике Михаэлиса-Ментен она должна быть в крайнем правом углу).

Сырой сюжет

Чтобы найти скорость реакции в каждой точке, я думал найти наклоны между каждой точкой, что в основном равносильно нахождению производной. Поскольку необработанный график, который я нашел, выглядит как логарифмическая функция, я бы предсказал, что производная будет выглядеть как гипербола (с x > 0). Действительно, это (грубый) график «производной» предыдущего графика, который выглядит как гипербола:

Производная

Я считаю, что Kmax — это значение y первой точки на этом графике — начальная скорость при смешивании субстрата с ферментом. Концентрация субстрата максимальна в момент времени 0, а концентрация субстрата уменьшается по мере увеличения времени.

Поэтому я подумал, что для построения графика Михаэлиса-Ментен я должен перевернуть ось абсцисс так, чтобы концентрация субстрата увеличивалась по оси абсцисс. Тем не менее, моя проблема заключалась в том, что если я сделаю это, то график не будет похож на кривую Михаэлиса...

Перевернуто

Я хотел бы найти кривую Михаэлиса-Ментен, чтобы я мог также получить значения Km и Kcat. Кто-нибудь знает как это сделать? Или я неправильно делаю шаги? Большое спасибо за помощь!

Кривая Михаэлиса-Ментен:

Кривая Михаэлиса-Ментен

Ответы (1)

У вас есть данные для различных концентраций перекиси водорода?

Если это так, вы должны выбрать момент времени, который попадает на линейную часть вашего временного графика. И постройте скорость в этот момент времени для каждой концентрации субстрата.

Это даст вам кривую ММ, по которой вы сможете рассчитать желаемые значения. Вы не можете рассчитать их только с вашими данными о времени, которые вы предоставили.

Нет, к сожалению, нет. Вот почему мне было интересно, смогу ли я сделать какие-либо расчеты ММ на основе тех данных, которые у меня есть. Я думаю, что тогда я не могу (если только я не предполагаю, что концентрация субстрата уменьшается линейно во времени - единственное, что я знаю, это то, сколько H2O2 я добавил в начале). В любом случае большое спасибо за ответ!
@lia, дело в том, что вам нужно провести этот эксперимент несколько раз с несколькими разными начальными концентрациями ЧАС 2 О 2 , найдите начальную (линейную) скорость для каждого, а затем постройте график зависимости скорости от начальной концентрации. Вот что этот ответ пытается сказать вам.