Мне было интересно, что на самом деле означают константы в уравнении Михаэлиса-Ментен в экспериментальных данных ферментов. Как обработать данные, чтобы найти Km и Kcat?
Я провел эксперимент с каталазой и ее расщеплением перекиси водорода. Я использовал датчик давления газа, чтобы отслеживать, сколько O2 было произведено в результате реакции с течением времени. Ниже приведен пример необработанного графика того, что я нашел. Точка 0 — это когда я положил субстрат и началась реакция (поэтому я думаю, что могу назвать это «максимальной концентрацией субстрата» — на графике Михаэлиса-Ментен она должна быть в крайнем правом углу).
Чтобы найти скорость реакции в каждой точке, я думал найти наклоны между каждой точкой, что в основном равносильно нахождению производной. Поскольку необработанный график, который я нашел, выглядит как логарифмическая функция, я бы предсказал, что производная будет выглядеть как гипербола (с x > 0). Действительно, это (грубый) график «производной» предыдущего графика, который выглядит как гипербола:
Я считаю, что Kmax — это значение y первой точки на этом графике — начальная скорость при смешивании субстрата с ферментом. Концентрация субстрата максимальна в момент времени 0, а концентрация субстрата уменьшается по мере увеличения времени.
Поэтому я подумал, что для построения графика Михаэлиса-Ментен я должен перевернуть ось абсцисс так, чтобы концентрация субстрата увеличивалась по оси абсцисс. Тем не менее, моя проблема заключалась в том, что если я сделаю это, то график не будет похож на кривую Михаэлиса...
Я хотел бы найти кривую Михаэлиса-Ментен, чтобы я мог также получить значения Km и Kcat. Кто-нибудь знает как это сделать? Или я неправильно делаю шаги? Большое спасибо за помощь!
Кривая Михаэлиса-Ментен:
У вас есть данные для различных концентраций перекиси водорода?
Если это так, вы должны выбрать момент времени, который попадает на линейную часть вашего временного графика. И постройте скорость в этот момент времени для каждой концентрации субстрата.
Это даст вам кривую ММ, по которой вы сможете рассчитать желаемые значения. Вы не можете рассчитать их только с вашими данными о времени, которые вы предоставили.
Лия
Де Ново