Я читал, что взаимодействия белок-белок, которые можно рассматривать, обычно бывают двух типов, а именно физические и функциональные, но я не могу понять разницу между ними.
Я просто подумал, что если два белка связаны в сети взаимодействия белок-белок, как те, которые хранятся в базе данных STRING, то экспериментально наблюдается или каким-то образом предсказывается, что они физически взаимодействуют через сайты связывания для явного выполнения функции, например передачи сигнала. Но когда я читал разные источники, проводящие разделение между двумя видами взаимодействия, я немного озадачился.
Не могли бы вы мне помочь?
Насколько я понимаю, «физический» и «функциональный» — это просто два разных способа анализа взаимодействия между белками. Белки могут и взаимодействуют физически, то есть они могут связываться определенным образом и в определенных местах, и это связывание может вызывать изменения в тех же самых белках (например, конформационные изменения), которые изменяют их свойства. Это чисто физический анализ взаимодействия белков. Функциональный анализ начинается с того, что мы задаем вопросы: «Какую роль выполняет это взаимодействие в клетке/организме/живой системе?»; «Какие эффекты эти изменения в белке будут создавать в клетке / организме / живой системе?». Часто конформационные изменения в белке, вызванные взаимодействием с другим белком, активируют или инактивируют его. Другими словами,участвуют в регуляции активности белка. Например, фагоциты (клетки, способные к фагоцитозу) имеют в своих мембранах белки, способные физически взаимодействовать с белками, присутствующими в мембранах патогенов. Они физически связываются с ними, изменяя при этом свою форму. Это физическая часть взаимодействия, это то, что происходит чисто физически (и может быть изучено более глубоко). Это конформационное изменение позволит белку катализировать ряд реакций внутри фагоцитирующей клетки, которые в конечном итоге приведут к фагоцитозу и уничтожению патогена.Это функциональный анализ взаимодействия, это понимание того, что функционально достигается взаимодействием, в данном случае обеспечивая фагоцитоз (и может быть изучен более глубоко).
Дэйвид
нуар
Дэйвид
нуар