Я хочу понять, как мотив присутствует или нет, можно вывести из файла PDB. Существуют ли какие-либо практические правила для формирования 3D-мотивов? Как серия спиралей и листов в каком-то направлении приведет к определенному трехмерному мотиву? Есть ли такие правила? Если да, какие ресурсы вы можете мне предоставить?
Например, бета-шпилька. Какой должна быть последовательность аминокислот или спирали/листа, чтобы образовался мотив бета-шпильки?
Мотив — это паттерн, который вы обнаруживаете в структуре путем анализа . Например, общие мотивы последовательности представляют собой короткие фрагменты последовательности, части которых аналогичны регулярному выражению . Итак, если у вас есть такой мотив, как «A*C», он соответствует последовательностям «AAC» и «ACC», но не «ACA». Вы можете обратить процесс, чтобы обнаружить мотив из последовательностей.
Аналогично со структурными мотивами в белках. Бета -шпилька это:
Мотив состоит из двух смежных по первичной структуре нитей, ориентированных в антипараллельном направлении... и связанных короткой петлей из двух-пяти аминокислот.
Итак, сначала вам предстоит определить, где находятся пряди и петли, затем, как пряди соединяются в листы, и, наконец, распознать шпильки. Именно определение самого мотива определяет, как вы его обнаруживаете.
Некоторые ресурсы, которые могут быть полезны:
девушка101
Жиллен