Сначала я думал, что домен — это определенная часть белка с заданной третичной структурой, с которой может связываться данная молекула. (Кажется, я припоминаю такие фразы, как «гем-связывающий домен белка X...», которые использовались на лекциях?)
Проконсультировавшись с Википедией о белковых доменах, я вижу, что определение немного тоньше:
Белковый домен представляет собой консервативную часть данной белковой последовательности и (третичной) структуры, которая может развиваться, функционировать и существовать независимо от остальной части белковой цепи. Каждый домен образует компактную трехмерную структуру и часто может быть независимо стабильным и складчатым.
Я могу это понять, однако причина, по которой я начал задаваться вопросом, к чему на самом деле относится «домен», заключалась в том, что он используется в отношении Sda для контроля эндоспоруляции бактерий. В моих конспектах лекций указано, что «KinA связывается и дестабилизируется Sda, мишенью ДНК».
Из этого у меня сложилось впечатление, что Sda является белком (хотя, насколько мне известно, DnaA связывает только ДНК, поэтому я не знаю, почему Sda может быть мишенью для DnaA. Во всяком случае), с другой стороны Википедия утверждает, что «белок домен Sda является коротким для супрессора днкА или иначе известного как ингибитор спорообразования А.», что, как мне кажется, предполагает, что Sda является частью ДНК, модификации которой позволяют супрессию ДНК?
Также в Википедии позже написано «Домен белка Sda является контрольной точкой, препятствующей образованию спор». Как белок, если он один из Sda, может быть контрольной точкой?
С другой стороны, в моих конспектах лекций позже говорится о регуляции уровней Sda, поэтому его снова называют отдельным белком!
Я был бы очень признателен, если бы кто-нибудь мог объяснить, что означает «домен» в этом контексте.
Короткий ответ
Википедия излишне усугубила и без того запутанную ситуацию. Sda является собственным белком, регулируется ДНК и препятствует спорообразованию.
Полный ответ
Я не думаю, что ваше непонимание основано на значении слова «домен» — определение, которое вы даете, звучит вполне разумно, — а скорее на использовании термина «домен» по отношению к Sda и наименовании самого Sda, что, я согласен, довольно запутанно. и в этом случае Википедия усугубила ситуацию.
Sda представляет собой белок, который ингибирует активность KinA (Burkholder et al., 2001) и является полностью отдельным от DnaA белком. Я не вижу, где вы перескочили из своих заметок к идее, что Sda является доменом DnaA, кроме как из Википедии: я не знаю, почему Википедия считает Sda белковым доменом, это белок. Это очень маленький белок, поэтому, возможно, было бы уместно думать обо всем этом как об одном домене, но в Google Scholar нет ни одного результата для «домена белка Sda» — никто больше не использует эту терминологию. Полный поиск Google возвращает только несколько (~ 150) результатов, большинство из которых являются прямыми копиями/переводами из Википедии или Википедия является их прямой копией. Википедия может быть полезной, но если она начинает вызывать у вас недоумение, не думайте, что она верна.
Фраза «KinA связана и дестабилизирована Sda, мишенью DnaA» означает, что Sda связывает KinA и дестабилизирует его, и отмечает, что Sda является мишенью DnaA; поскольку DnaA является фактором транскрипции, вы можете сделать вывод, что это означает, что DnaA каким-то образом контролирует экспрессию Sda.
В биологии контрольная точка просто относится к месту, где процесс может быть остановлен/остановлен, часто в связи с клеточным циклом. Sda считается контрольной точкой, потому что, когда Sda экспрессируется, он предотвращает спорулирование клеток, косвенно предотвращая активацию Spo0A (Burkholder et al., 2001).
Другим источником путаницы является то, что название «супрессор днкА» в Википедии НЕВЕРНОЕ , но, кроме того, у молекулярных биологов иногда непонятный способ именования вещей из-за сложности контроля экспрессии генов и окольного пути, которым идентифицируются новые белки. и понял.
Правильное название sda — «супрессор dnaA1 ». dnaA1 НЕ является DnaA - dnaA1 является МУТАНТНЫМ АЛЛЕЛЕМ DnaA, который приводит к клеткам, полностью не способным образовывать споры. Но! sda также НЕ является Sda: sda является МУТАНТНЫМ АЛЛЕЛЕМ, который производит нефункциональный Sda (белок).
Я процитирую заголовок таблицы в Burkholder et al:
Мутации sda подавляют дефект споруляции мутантов dnaA1
Или, опять же, у мутантов dnaA1 имеется дефект в DnaA, препятствующий спорообразованию. Исследователи искали мутации, которые могли бы обратить этот эффект вспять. Они нашли один и назвали его sda, потому что он обращает (подавляет) эффект мутации, которую они изучали. Эффекты мутанта dnaA1 на спорообразование, по-видимому, вызваны повышенной экспрессией Sda, поэтому мутант sda обращает эффект.
использованная литература
Буркхолдер, В.Ф., Курцер, И., и Гроссман, А.Д. (2001). Белки инициации репликации регулируют контрольную точку развития Bacillus subtilis. Cell, 104(2), 269-279.
Дэйвид