Аддитивная генетическая дисперсия с аллелями nnn

Question

Аддитивная генетическая дисперсия с аллелями nnn

Биология
эволюция
естественный отбор
популяционная биология
математические модели
динамика населения

Реми.б

Генетическая дисперсия количественного признака (количественным признаком, о котором идет речь, является приспособленность) может быть выражена как сумма двух компонентов, доминирования и аддитивной дисперсии:

о_{Д}^{2} + о_{А}^{2} "=" о^{2}

$\sigma_D^2 + \sigma_A^2 = \sigma^2$

, где $\sigma$ генетическая изменчивость, $\sigma_D^2$ дисперсия доминирования и $\sigma_A^2$ является аддитивной дисперсией. $\sigma_D^2$ и $\sigma_A^2$ даны

о_{Д}^{2} "=" {Икс}^{2} (1 - Икс)^{2} (2 \cdot {Вт}_{12} - {Вт}_{11} - {Вт}_{22})^{2}

$\sigma_D^2 = x^2(1-x)^2(2\cdot W_{12} - W_{11} - W_{22})^2$

о_{А}^{2} "=" 2 Икс (1 - Икс) (Икс {Вт}_{11} + (1 - 2 Икс) {Вт}_{12} - (1 - Икс) {Вт}_{22})^{2}

$\sigma_A^2 = 2x(1-x)(xW_{11}+(1-2x)W_{12} - (1-x)W_{22})^2$

, где $W_{11}$ , $W_{12}$ и $W_{22}$ являются приспособленностью трех возможных генотипов и $x$ и $1-x$ укажите частоты аллелей.

Вопрос

Приведенное выше определение имеет смысл для одного биаллельного локуса.

Как $\sigma_D^2$ , $\sigma_A^2$ и $\sigma^2$ определяется для локуса, который имеет $n$ аллели?

Вот сопутствующий вопрос

рг255

это может быть полезным ресурсом для вас @Remi.b - я тоже прочитаю книгу Фальконера и Маккея завтра на работе nitro.biosci.arizona.edu/zbook/NewVolume_2/newvol2.html

рг255

очень нравится этот вопрос, сегодня провел некоторое время у доски, пытаясь решить его! сделал хороший прогресс!

рг255

Глава 4 Линча и Уолша, похоже, имеет дело с этим - из таблицы 4.2.

Реми.б

@GriffinEvo На какой это странице? Я нашел таблицу 4.1 на странице 11 и таблицу 4.3 на странице 22! таблица 4.2, вероятно, находится между ними: D

рг255

В моем экземпляре это страница ~ 77, я думаю, вы должны увидеть уравнение 4.23a и часть предшествующего раздела о «среднем превышении» - это генетика Линча и Уолша и анализ количественных признаков. Меня не будет ближайшие пару дней, но я попытаюсь написать это в коде R с данными, чтобы проверить это на следующей неделе — возможно, нам следует перейти в чат, чтобы обсудить больше!

Ответы (1)

Аддитивная генетическая дисперсия с аллелями nnn

это может быть полезным ресурсом для вас @Remi.b - я тоже прочитаю книгу Фальконера и Маккея завтра на работе nitro.biosci.arizona.edu/zbook/NewVolume_2/newvol2.html
очень нравится этот вопрос, сегодня провел некоторое время у доски, пытаясь решить его! сделал хороший прогресс!
Глава 4 Линча и Уолша, похоже, имеет дело с этим - из таблицы 4.2.
@GriffinEvo На какой это странице? Я нашел таблицу 4.1 на странице 11 и таблицу 4.3 на странице 22! таблица 4.2, вероятно, находится между ними: D
В моем экземпляре это страница ~ 77, я думаю, вы должны увидеть уравнение 4.23a и часть предшествующего раздела о «среднем превышении» - это генетика Линча и Уолша и анализ количественных признаков. Меня не будет ближайшие пару дней, но я попытаюсь написать это в коде R с данными, чтобы проверить это на следующей неделе — возможно, нам следует перейти в чат, чтобы обсудить больше!

Питер · Answer 1

Ну, общая генетическая дисперсия просто, по определению дисперсии,

о^{2} "=" \sum_{я, Дж} ф_{я} ф_{Дж} (ш_{я Дж} - \bar{ш})^{2}

$\sigma^2 =\sum_{i,j} f_i f_j (w_{ij}-\bar{w})^2$ (с использованием

f_{i}

$f_i$ и

w_{i j}

$w_{ij}$ для частоты и пригодности соответственно), и

\bar{ш} "=" \sum_{я, Дж} ф_{я} ф_{Дж} ш_{я Дж}

$\bar{w} = \sum_{i,j} f_i f_j w_{ij}$ это просто средний фитнес.

Вы можете рассчитать аддитивную генетическую дисперсию для разных локусов, просто предположив, что эффект доминирования отсутствует, т. е. аллели независимы. Если это поможет, думайте об этом как о количественном признаке гаплоидного организма. Таким образом,

о_{А}^{2} "=" \sum_{я, Дж} ф_{я} ф_{Дж} (ш_{я} ш_{Дж} - {\bar{ш}}^{'})^{2} "=" \sum_{я} ф_{я} (ш_{я} - {\bar{ш}}^{'})^{2} .

$\sigma^2_A =\sum_{i,j} f_i f_j (w_iw_j-\bar{w}')^2 = \sum_i f_i(w_i-\bar{w}')^2.$ с

ф_{я} "=" \sum_{Дж} ф_{я Дж}; ш_{я} "=" \sum_{Дж} ф_{я Дж} ш_{я Дж}; {\bar{ш}}^{'} "=" \sum_{я} ф_{я} ш_{я};

$f_i=\sum_jf_{ij}; w_i=\sum_j f_{ij}w_{ij}; \bar{w}' = \sum_i f_i w_i;$

Большое спасибо за ваш ответ. Не могли бы вы помочь мне разработать формулу для $\sigma_A^2$ для диплоидной популяции?
это должно быть верно для диплоидной популяции. Аддитивная генетическая изменчивость определяется как дисперсия в популяции, в которой нет эффектов взаимодействия между генотипами, поэтому $w_{ij}$ можно записать как $w_iw_j$
Извините, я могу быть немного медленным, чтобы понять :)… Не могли бы вы показать разработку, чтобы найти обратно $\sigma_A^2 = 2x(1-x)(xW_{11}+(1-2x)W_{12} - (1-x)W_{22})^2$ из ваших уравнений? Спасибо.

Аддитивная генетическая дисперсия с аллелями nnn

Реми.б

рг255

рг255

рг255

Реми.б

рг255

Ответы (1)

Питер

Реми.б

Питер

Реми.б

Аддитивная генетическая дисперсия с nnn локусами

Определение дезиравновесия по сцеплению (LD)

Доминирование/рецессивность новых мутаций

Гетерозиготность и сверхдоминирование

Популяционная генетика и распределение вероятностей пригодности. Почему нам нужно только среднее арифметическое?

Как рассчитать эффективный размер популяции (NeNeN_e) с перекрывающимися поколениями?

Теория слияния - независимость от времени слияния

Ожидаемое время для нейтрального аллеля, чтобы достичь частоты p1p1p_1 при запуске с частоты p0p0p_0

Закон Дрейка. Какова частота мутаций по всему геному и каковы оценки?

Почему генетический дрейф порождает отрицательное неравновесие по сцеплению?