Что подразумевается под «экспрессией» некодирующей РНК?

Во многих некодирующих РНК РНК является функциональной конечной точкой. Следовательно, «экспрессия» нкРНК просто относится к продукции этого функционального компонента. Как и в случае с белками, это включает в себя изучение дифференцированной продукции некодирующей РНК в тканях (т. е. в каких тканях продуцируется РНК).

Экспрессия генов определяется в Оксфордском словаре биологии как:

Проявление эффектов гена путем продукции определенного белка, полипептида или типа РНК , синтез которых он контролирует.

Другими словами, экспрессия гена означает одно и то же, независимо от того, является ли функциональный продукт белком или некодирующей РНК. Конечно, в экспрессии нкРНК нет трансляционного компонента.

Они запросили публикации, касающиеся lncRNA, в которых изучалось, является ли она функциональной за счет сверхэкспрессии или нокдауна. Клетки делают что-то измеримое в своем нормальном состоянии, что можно наблюдать с помощью микроскопии, количественной ПЦР, микрочипа и т. д. Вы используете данные в качестве контроля, с которым можно сравнить экспериментальные результаты.

Например, для исследования сверхэкспрессии вы можете трансфицировать свои клетки вектором, который будет транскрибировать большую часть вашей нкРНК. Должна ли трансфекция быть стабильной или временной, будет зависеть от ряда других факторов. Итак, методы, которые вы использовали для сбора данных в качестве контроля, примените их к трансфецированной группе. Если есть статистически значимые изменения в чем-либо, когда у вас больше нкРНК, вы можете частично сказать, что ваша нкРНК функциональна. Он делает что-то наблюдаемое.

Противоположное верно для нокдауна. Возможно, вы можете использовать CRISPR для выполнения этой работы, но лентивирусная трансдукция, скажем, с промотором, индуцируемым доксициклином, входит в число других возможностей. Теперь цель состоит в том, чтобы заставить ген или экспрессию гена исчезнуть. Вы проводите тот же эксперимент и смотрите, влияет ли отсутствие нкРНК на клетку.

Теперь в базе данных, которую вы просматриваете, выражение используется, чтобы показать вам, в каких тканях был обнаружен BX118339? По сути, это говорит о том, что BX118339 экспрессируется в яичках и мозге плода.