Алармон — это внутриклеточная сигнальная молекула, которая вырабатывается из-за суровых факторов окружающей среды. Они регулируют экспрессию генов на уровне транскрипции. Рибопереключатель - это регуляторный сегмент молекулы информационной РНК, который связывает небольшую молекулу, что приводит к изменению продукции белков, кодируемых мРНК. Он работает как способ обнаружения изменений в окружающей среде.
Я читал некоторые статьи («ZTP 5-амино 4-имидазолкарбоксамид рибозид S-трифосфат): предлагаемый алармон при дефиците 10-формилтетрагидрофолата», Bochner 1982; «Древний класс рибопереключателей в бактериях регулирует биосинтез пуринов и метаболизм одноуглеродных соединений» Ким, 2015 г.), в которых изучается, как ZTP может вызывать изменения при дефиците 10f-THF. Bochner (1982) посредством нескольких экспериментов предлагает ZTP в качестве алармона для 10f-THF; некоторые предположения Бохнера могли быть не совсем правильными, и в более поздней статье не удалось воспроизвести некоторые эксперименты. Позже Ким (2015) предлагает ZTP в качестве рибопереключателя.
Я не совсем осознаю разницу между понятиями "будильник" и "рибопереключатель". Мне кажется, что и Бохнер, и Ким предлагают практически один и тот же тезис.
Впервые слышу слово alarmone, так что потерпите меня, ладно?
«Алармон — это внутриклеточная сигнальная молекула, которая вырабатывается из-за суровых факторов окружающей среды. Они регулируют экспрессию генов на уровне транскрипции» <- это, вероятно, относится к активации/ингибированию факторов транскрипции и тому подобному. Заглянув немного дальше в статью в Википедии, откуда вы скопировали описание, мы видим, что ppGpp считается аварийным.
Согласно статье в Википедии о ppGpp ( https://en.wikipedia.org/wiki/Guanosine_pentaphosphate ), мы видим, например, эту строку: «Когда (p)ppGpp связывается с промотором, это влияет на способность фермента РНК-полимеразы связываться и инициировать транскрипцию». , поэтому этот алармон может действовать, ингибируя способность РНК-полимеразы связываться с промотором.
С другой стороны, рибопереключатель представляет собой структурный элемент ВНУТРИ молекулы РНК, который вызывает конформационные изменения при связывании лиганда. Затем это конформационное изменение влияет на транскрипцию или трансляцию и т. д. Таким образом, алармон, вероятно, мог бы связываться с рибопереключателем, чтобы оказывать свое действие, но рибопереключатель — вещь весьма специфическая. Вы можете прочитать о некоторых механизмах в статье в Википедии https://en.wikipedia.org/wiki/Riboswitch.
Таким образом, в основном думайте об алармонах как о сигнальных молекулах, а о рибопереключателях — как о структурных элементах в транскриптах, которые регулируют экспрессию генов при связывании лигандов.
Арматус
WYSIWYG