Неравновесие по сцеплению с несколькими аллелями и локусами

Неравновесие по сцеплению ( Д ) для двух биаллельных локусов определяется как:

Д знак равно Икс 11 Икс 22 − Икс 12 Икс 21

куда Икс 11 ,   Икс 12 ,   Икс 21 ,   Икс 22 это частоты гаплотипов А 1 Б 1 , А 1 Б 2 , А 2 Б 1 , А 2 Б 2 соответственно (номер нижнего индекса соответствует двум разным аллелям и А а также Б соответствуют двум разным локусам)

Мои вопросы

  • Как Д определены для большего количества локусов и большего количества аллелей?

  • Как Д определяется, когда количество аллелей отличается от локуса к локусу?

Дайте мне знать, если мой ответ имеет смысл для вас

Ответы (2)

LD описывает ассоциации между аллелями в разных локусах. Для чего-то большего, чем два биаллельных локуса, вам нужно больше, чем просто одно число, чтобы полностью описать ассоциации. Например, если у нас есть три биаллельных локуса 1-3, нам нужны три парных коэффициента LD плюс один дополнительный трехфакторный коэффициент. В общем, если у нас есть К локусы, и к й место имеет н к аллели, есть ∏ к н к возможных гаплотипов, поэтому для полного описания состояния популяции нам потребуется ∏ к н к − 1 частоты гаплотипов. Если вместо этого мы хотим использовать частоты аллелей и ассоциации, нам потребуется

∏ к н к − 1 − ∑ к ( н к − 1 ) знак равно ∏ к н к − ∑ к н к + к − 1
Коэффициенты ЛД. (Обратите внимание, что каждый локус описывается н к − 1 частоты аллелей.) Это означает, что со многими локусами все довольно быстро усложняется! Если вы хотите углубиться в детали, посмотрите Barton and Turelli (1991) и Kirkpatrick, Johnson, and Barton (2002) .

Мне, как типичному молекулярному биологу, немного не по себе в терминах классической генетики. Я мог бы переопределить некоторые символы (возможно, чтобы они означали то же самое) [ Это похоже на разговор с самим собой во время размышлений ].

Существует четыре ДНК-блока: A1 , B1 , A2 и B2 . A k и B k являются соседними блоками. [ Возможно, это то же самое, что вы определили символы ]. А и В — смежные участки ДНК, тогда как 1 и 2 — разные хромосомы (гомологичные участки). См. рисунок ниже.

                                    введите описание изображения здесь

Формула:

Д=Х 11 Х 22 - Х 12 Х 21

в основном означает, что разница между вероятностью того, что локусы находятся в configuration I( 11 & 22) или configuration II (swapped)( 12 & 21). Допустим, есть третья область (3), которая гомологична двум аллелям , имеющим ДНК-блоки A 3 и B 3 .

По определению LD это разница вероятностей. В зависимости от того, как вы определите, оно будет принимать отрицательное или положительное значение. Когда у вас есть 3 рекомбинационно возможных аллеля , может быть шесть случаев:

  1. С 1 : [А 1 В 1 ] [А 2 В 2 ] [А 3 В 3 ]
  2. С 2 : [А 1 В 1 ] [А 2 В 3 ] [А 3 В 2 ]
  3. С 3 : [А 1 В 3 ] [А 2 В 2 ] [А 3 В 1 ]
  4. С 4 : [А 1 В 2 ] [А 2 В 1 ] [А 3 В 3 ]
  5. С 5 : [А 1 В 2 ] [А 2 В 3 ] [А 3 В 1 ]
  6. С 6 : [А 1 В 3 ] [А 2 В 1 ] [А 3 В 2 ]

В этом случае не существует единой меры различия . Вы также можете сделать что-то вроде этого:

LD 1' = P(C1 ) + P(C2 ) - (P( C3 ) + P(C4 ) + P(C5 ) + P( C6 ))

Где LD 1' — LD области 1, а P(C m ) — частота m -й конфигурации.

Теперь, если есть 3 или более смежных блоков ДНК, вы можете определить LD только попарно. Однако это имеет смысл, потому что связь уменьшается с расстоянием, и вы можете вычислить LD AC = LD AB x LD BC
( A, B и C являются смежными в алфавитном порядке. Если A и B не связаны, то A и C не могут быть связаны. )

Неравновесие по сцеплению с несколькими аллелями и локусами
СпросиСетьПолитика конфиденциальности1y, 0v