Да, программное обеспечение с открытым исходным кодом может быть опубликовано. Что требуется, зависит от места проведения.

Существуют общие журналы, посвященные процессу разработки программного обеспечения . Идея состоит в том, чтобы поощрять более качественную разработку программного обеспечения, получая признание, которого она заслуживает. Примерами журналов с таким подходом являются Journal of Open Research Software и Journal of Open Source Software .

Кроме того, есть журналы для конкретных предметных областей, которые имеют определенные политики в отношении программного обеспечения. Примером могут служить журналы AAS , в которых указывается

Журналы AAS приветствуют статьи, описывающие дизайн и функции программного обеспечения, имеющего отношение к исследованиям в области астрономии и астрофизики. Такие статьи должны содержать описание программного обеспечения, его новых функций и предполагаемого использования. Такие статьи не обязательно должны включать результаты исследований , проведенных с использованием программного обеспечения, хотя включение примеров приложений может быть полезным.

(Подчеркните меня, чтобы сослаться на точку в исходном вопросе)

Да. Программное обеспечение может быть опубликовано как инструмент с открытым исходным кодом с процессом рецензирования. Существует несколько академических журналов в традиционном стиле. Учитывая профиль ОП , вот несколько журналов, в которых публикуются пакеты R, инструменты для генетики или экологическое программное обеспечение:

• Журнал R
• Журнал статистического программного обеспечения
• Моделирование окружающей среды и программное обеспечение
• Ресурсы молекулярной экологии
• Исходный код по биологии и медицине .

Кроме того, некоторые правительственные агентства имеют формальные процессы рецензирования программного обеспечения и кода для публичного выпуска (например, Геологическая служба США , Министерство энергетики США ).

Конечно, это публикуется. Вы пишете документ с подробным описанием того, что находится в коде, как его использовать, примерами, потенциальными проблемами и так далее.

Вот пример , а вот ссылка Github на исходный код.

Программное обеспечениеX :

SoftwareX стремится признать влияние программного обеспечения на сегодняшнюю исследовательскую практику и на новые научные открытия почти во всех областях исследований. SoftwareX также стремится подчеркнуть важность разработчиков программного обеспечения, которые частично несут ответственность за это влияние.

С этой целью SoftwareX стремится поддерживать публикацию исследовательского программного обеспечения таким образом, чтобы:

• Программному обеспечению присваивается печать научной значимости и предоставляется рецензируемое признание научного воздействия;
  • Разработчики программного обеспечения получают кредиты, которых они заслуживают;
  • Программное обеспечение можно цитировать, что позволяет применять традиционные показатели научного мастерства;
  • Академическая карьера разработчиков программного обеспечения поддерживается, а не затрудняется; Программное обеспечение общедоступно для проверки, проверки и повторного использования.

Ответ на ваш вопрос в узком смысле - "да". Тем не менее, я хотел бы ответить на то, что я считаю сутью вашего вопроса. Потому что короткий ответ на это — да, но .

Программное обеспечение или метод?

По сути, ситуация, как я понимаю, такова: у вас есть какая-то проблема. Обычно она возникает в некоторых приложениях, таких как биомедицина, материаловедение, химия и т. д. Решение проблемы может потребовать некоторой лабораторной работы, но этого недостаточно. Чтобы на самом деле решить проблему, вам нужно некоторое программное обеспечение. Теперь вы написали программное обеспечение и спрашиваете, как его можно опубликовать.

Главное заключается в том, что классическая компьютерная наука и смежные области (например, математическое программное обеспечение) очень долго были сосредоточены на методах . Дело не в том, почему, не в том, как технически, а в теоретическом способе решения проблемы. Это не значит, что нет реализации, поддерживающей теорию. В подавляющем большинстве случаев он есть. Но публикация кода, особенно как отдельного объекта, является относительно новой (но долгожданной!) разработкой.

Были времена, когда воспроизводимость в компьютерных науках означала: возьмите студента бакалавриата, дайте ему работу, пусть они реализуют ее месяцами, и теперь у вас есть реализация, которую вы можете сравнить со своим собственным подходом.

Языки умирают, а идеи нет.

Я могу назвать две понятные причины столь странного (для постороннего) мышления компьютерщика. Во-первых, долгое время фактическая идея, что делать, то, что мы можем сжато сформулировать в виде алгоритма или описать в статье, была намного короче, чем реальный низкоуровневый код, реализующий идею. Здесь много бухгалтерии, технических накладных расходов и, может быть, даже несколько бесхитростных приемов — интересных сами по себе, но не способствующих общей высокоуровневой идее. Информатика была и частично до сих пор сосредоточена на таких идеях с высоты птичьего полета, хотя в наши дни также можно публиковать гениальные хаки.

Вторая причина заключается в том, что практические детали реализации некрасиво устаревают. Это включает в себя некоторые технические решения, а также язык программирования, на котором написана реализация. Немного натянув, проще и вечнее описать способ вычисления сингулярной декомпозиции с точки зрения вычислений линейной алгебры, чем древняя реализация Фортрана DBDSQR.

Описанная выше тенденция меняется. Я вижу все больше и больше статей, которые ссылаются на репозитории GitHub с сопроводительным кодом. Это хорошо. Это служит воспроизводимости. Меньше бедных студентов бакалавриата, которым приходится реализовывать чужие работы. Но то, что люди по-прежнему публикуют в CS, — это более высокоуровневые описания, теоретические соображения и результаты практической оценки. Но не код как есть.

Обратите внимание, что ваши коллеги-биологи, геологи, химики и т. д. вполне могут оценить рабочий продукт. «Клонируйте этот репозиторий github и подключите свои данные» работает как шарм.

Тем не менее, если в вашем программном обеспечении есть высокая степень научной новизны и если вы хотите опубликовать его в информационном центре в широком смысле (есть несколько журналов для публикации кода, как указано в других ответах), вы можете быть намного лучше off, если вы публикуете метод и сопровождаете описание метода ссылкой на GitHub , где депонировано актуальное программное обеспечение.

О, и есть третий компонент: данные. Опять же, есть несколько журналов, в которых вы можете публиковать наборы научных данных. Но общее развитие заключается в том, чтобы поместить данные в репозиторий (например, Dryad или Zenodo, на самом деле это отдельный вопрос) и связать их в документе.